Kääpiösnautseri on suhteellisen terve rotu. Sillä esiintyy kuitenkin
jonkin verran vakavia, perinnölliseksi katsottavia silmäsairauksia. Näitä ovat perinnöllinen harmaakaihi eli katarakta, PRA, PHTVL/PHPV
ja RD. Mustille kääpiösnautsereille ominainen on perinnöllinen varvasanomalia, jossa koiran uloimmat varpaat surkastuvat
sen ollessa nuori. Sekä silmäsairauksia että varvasanomaliaa tutkitaan jalostukseen käytettäviltä koirilta.
Kääpiösnautserilla
esiintyy yleensä helpommin virtsatieongelmia kuin muilla roduilla, mutta sitä voi ehkäistä oikealla ruokavaliolla. Kääpiösnautsereilla tavataan kuitenkin vähemmän lonkka- ja nivelsairauksia, kuin snautsereilla ja
suursnautsereilla.
Jonkin verran kääpiösnautsereilla todetaan mm. epilepsiaa, purentavikoja, maksasairauksia, kivesvikaisuutta, sekä mutkahäntäisyyttä
eli hännän nikamavikaa, joka todetaan yleensä jo luovutusiässä.